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古DNA论文

史前人类迁徙与正在消失的肠道微生物

Prehistoric global migration of vanishing gut microbes with humans

肠道微生物组对人类健康至关重要，并受到生活方式的显著影响¹。许多在非工业化人群中普遍存在的微生物，正在工业化人群中逐渐消失，甚至已经灭绝²⁻⁶。研究哪些微生物长期定居于人类肠道，并可能与人类共同演化²˒⁷˒⁸，有助于我们理解微生物多样性的丧失如何影响人类健康。然而，微生物演化过程中的遗传复杂性，以及肠道微生物组组成的高度可塑性，使得重建这些长期共生关系的演化历史面临诸多挑战。 在本研究中，我们对玻利维亚从事园艺农业的齐马内人（Tsimane）进行了深度宏基因组测序，并将其肠道微生物组与坦桑尼亚哈扎狩猎采集人群（Hadza）的肠道微生物组进行了比较³。这两个人群的祖先在数万年前便已发生分化，但他们的肠道中仍然存在1,231种共同的微生物物种，其中大多数在工业化人群中十分罕见或完全缺失。 研究人员进一步对其中636种共享微生物进行了群体遗传学分析，发现这些微生物的遗传分化与基因流动模式，与史前人类迁徙过程中微生物随宿主共同迁徙的假说相一致。此外，估算得到的微生物群体分化时间，也与现代人走出非洲以及进入美洲的迁徙时间大致吻合。 我们的研究结果表明，多样化的肠道微生物组曾伴随人类迁徙至世界各地，并在数千年的历史中持续存在。 然而，如今许多这样的微生物物种正在工业化人群中逐渐消失，而这种变化对人类健康的潜在影响仍有待进一步研究。

古DNA论文

古基因组学追溯了过去12000年西南亚地区的古代人口历史

Paleogenomics retraces the ancient population history of Southwestern East Asia for the past 12 000 years

Fan Bai · National Science Review

西南东亚是连接东亚南部、东南亚和青藏高原的关键交汇点，也是研究早期人类迁徙的重要区域。然而，该地区东部，特别是贵州的古DNA研究仍然匮乏。我们首次对贵州人群进行了跨越12000年时间跨度的基因组研究，其中包括5个年龄超过10000年的贵州个体。结合已发表的广西和云南样本，我们揭示了西南东亚人群从旧石器时代到新石器时代早期复杂的遗传历史。旧石器时代人群的特征是近期发现的东亚基础祖先（兴义_EN）与东亚北部祖先混合，呈现出异质性的分布模式。到了青铜时代，这种神秘的基础祖先在该地区已无法检测到。从1200年前开始，贵州和广西人群之间的遗传互动逐渐增强，并呈现出与语言相关的模式。总体而言，我们的研究结果阐明了过去 12000 年来西南东亚复杂的人口动态。

古DNA论文

芬兰早期中世纪西南部人口基因组学、人口统计学和环波罗的海地区的连通性

Population genomics, demography, and circum-Baltic connectivity of Early Medieval southwestern Finland

背景 由于同时期的史料匮乏，人们对早期中世纪芬兰（公元1050-1250年）的了解主要依赖于考古证据。现有证据表明，芬兰存在两个截然不同的文化经济区域：沿海地区和内陆地区。我们利用新近获得的34位古代个体的基因组数据以及现代芬兰人的基因组数据，对芬兰西南部晚期铁器时代和早期中世纪的祖先构成进行了分析，重建了人口模式，并将个体置于环波罗的海亲缘关系网络中。 结果 芬兰西南部内陆地区早期中世纪的祖先构成与现代居民非常相似。古代沿海和内陆个体在基因上没有明显区别，而现代沿海人群与古代人群相比，斯堪的纳维亚祖先成分显著更高，波罗的海祖先成分则更低。基于血缘关系的同源性（IBD）分析也表明，自早期中世纪以来，沿海地区的基因构成发生了重大变化。在整个研究期间，有效人口规模持续增长，到公元1250年左右达到约13,000人。斯堪的纳维亚半岛与早期中世纪芬兰之间的IBD联系与已知的考古发现相吻合。此外，我们还发现了早期中世纪芬兰个体与克罗南战舰沉没事件遇难者之间的IBD联系。 结论 我们证实，芬兰西南部内陆地区人口近千年保持连续性，而沿海地区则发生了大规模的同期遗传转变。这种祖先构成的变化与有记录的中世纪瑞典向芬兰的移民潮相吻合。在此期间，该地区人口迅速增长，这很可能是由于新的农业耕作方式和有利的气候条件所致。我们的环波罗的海IBD网络表明，芬兰西南部牢固地融入了更广阔的前现代波罗的海世界。