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古DNA论文
拉脱维亚鼠疫耶尔森菌菌株在第二次鼠疫大流行结束时显示出 pla 毒力基因的消耗
Yersinia pestis strains from Latvia show depletion of the pla virulence gene at the end of the second plague pandemic
古代基因组学研究已将鼠疫耶尔森氏菌（Y. pestis）鉴定为始于黑死病（1347-1353）的第二次鼠疫大流行（14-18世纪）的病原体。此次大流行中研究的鼠疫耶尔森氏菌菌株大多分离自西欧，人们对该细菌在东欧国家的多样性和微进化知之甚少。在本研究中，我们调查了从里加（拉脱维亚）两处墓地中发掘出的人类遗骸。历史证据表明，这些墓葬是17世纪鼠疫爆发的结果。我们从16具遗骸的牙齿中提取了DNA，并进行了散弹枪测序。宏基因组学数据分析显示，在四具遗骸中存在鼠疫耶尔森氏菌序列，证实这些被埋葬的个体是鼠疫的受害者。在两份样本中，鼠疫耶尔森氏菌DNA覆盖率足以进行基因组重建。随后的系统发育分析表明，里加菌株的多样性与已知的后黑死病基因组多样性相符。有趣的是，两株拉脱维亚分离株并未聚类在一起。此外，我们检测到含有pla基因的pPCP1质粒区域的覆盖度下降。进一步分析表明存在两个pPCP1质粒，一个含有pla基因区域，一个不含pla基因区域，并且只有一个细菌染色体，这表明同一种细菌携带两个不同的pPCP1质粒。此外，我们在大多数先前发表的后黑死病菌株中发现了相同的模式，但在黑死病菌株中没有发现。pla基因是人类感染和传播的重要毒力因子。因此，pla基因缺失的菌株的传播可能以及其他原因导致了十八世纪欧洲第二次鼠疫大流行的消失。
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古DNA论文
拉脱维亚鼠疫耶尔森菌菌株在第二次鼠疫大流行结束时显示出 pla 毒力基因的消耗
Yersinia pestis strains from Latvia show depletion of the pla virulence gene at the end of the second plague pandemic
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中文摘要
古代基因组学研究已将鼠疫耶尔森氏菌（Y. pestis）鉴定为始于黑死病（1347-1353）的第二次鼠疫大流行（14-18世纪）的病原体。此次大流行中研究的鼠疫耶尔森氏菌菌株大多分离自西欧，人们对该细菌在东欧国家的多样性和微进化知之甚少。在本研究中，我们调查了从里加（拉脱维亚）两处墓地中发掘出的人类遗骸。历史证据表明，这些墓葬是17世纪鼠疫爆发的结果。我们从16具遗骸的牙齿中提取了DNA，并进行了散弹枪测序。宏基因组学数据分析显示，在四具遗骸中存在鼠疫耶尔森氏菌序列，证实这些被埋葬的个体是鼠疫的受害者。在两份样本中，鼠疫耶尔森氏菌DNA覆盖率足以进行基因组重建。随后的系统发育分析表明，里加菌株的多样性与已知的后黑死病基因组多样性相符。有趣的是，两株拉脱维亚分离株并未聚类在一起。此外，我们检测到含有pla基因的pPCP1质粒区域的覆盖度下降。进一步分析表明存在两个pPCP1质粒，一个含有pla基因区域，一个不含pla基因区域，并且只有一个细菌染色体，这表明同一种细菌携带两个不同的pPCP1质粒。此外，我们在大多数先前发表的后黑死病菌株中发现了相同的模式，但在黑死病菌株中没有发现。pla基因是人类感染和传播的重要毒力因子。因此，pla基因缺失的菌株的传播可能以及其他原因导致了十八世纪欧洲第二次鼠疫大流行的消失。
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古DNA论文
从旧石器时代到青铜时代的西伯利亚人揭示了他们与美洲原住民以及整个欧亚大陆的联系
Paleolithic to Bronze Age Siberians Reveal Connections with First Americans and across Eurasia
现代人类自旧石器时代晚期就已在贝加尔湖地区定居，但该地区居民在漫长历史长河中的确切迁徙历程仍不甚明了。本文报道了来自西伯利亚贝加尔湖地区19名旧石器时代晚期至青铜时代早期个体的全基因组数据。其中一份旧石器时代晚期个体的基因组显示，他们与美洲原住民存在直接联系，共享构成所有非北极地区美洲原住民的混合祖先。我们还证实，贝加尔湖地区新石器时代早期和青铜时代人群的形成是公元前8000年至6000年间持续基因混合的结果。此外，我们还检测到了与西欧亚草原人群的基因相互作用，并从两名不具有西欧亚血统的青铜时代早期个体中重建了鼠疫耶尔森菌基因组。总而言之，我们的研究揭示了旧石器时代晚期西伯利亚人与美洲原住民之间最为深远的遗传联系，并揭示了青铜时代人类和病原体在欧亚大陆的迁徙。
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古DNA论文
从旧石器时代到青铜时代的西伯利亚人揭示了他们与美洲原住民以及整个欧亚大陆的联系
Paleolithic to Bronze Age Siberians Reveal Connections with First Americans and across Eurasia
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现代人类自旧石器时代晚期就已在贝加尔湖地区定居，但该地区居民在漫长历史长河中的确切迁徙历程仍不甚明了。本文报道了来自西伯利亚贝加尔湖地区19名旧石器时代晚期至青铜时代早期个体的全基因组数据。其中一份旧石器时代晚期个体的基因组显示，他们与美洲原住民存在直接联系，共享构成所有非北极地区美洲原住民的混合祖先。我们还证实，贝加尔湖地区新石器时代早期和青铜时代人群的形成是公元前8000年至6000年间持续基因混合的结果。此外，我们还检测到了与西欧亚草原人群的基因相互作用，并从两名不具有西欧亚血统的青铜时代早期个体中重建了鼠疫耶尔森菌基因组。总而言之，我们的研究揭示了旧石器时代晚期西伯利亚人与美洲原住民之间最为深远的遗传联系，并揭示了青铜时代人类和病原体在欧亚大陆的迁徙。
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古DNA论文
中国北方的古代基因组表明生存变化与人类迁徙之间的联系
Ancient genomes from northern China suggest links between subsistence changes and human migration
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中国北方的古代基因组表明生存变化与人类迁徙之间的联系
Ancient genomes from northern China suggest links between subsistence changes and human migration
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古DNA论文
新石器时代至青铜时代的安纳托利亚、北黎凡特和南高加索的基因组历史
Genomic History of Neolithic to Bronze Age Anatolia, Northern Levant, and Southern Caucasus
本文报告了110名古代近东个体的全基因组数据分析，分析时间跨度为新石器时代晚期至青铜时代晚期，这一时期近东地区区域间互动频繁。我们发现，公元前六千年，北安纳托利亚/中安纳托利亚地区和南高加索地区的人群在新石器时代形成的遗传谱系上拥有混合血统，该谱系形成于西安纳托利亚地区与现今南高加索/扎格罗斯山脉地区之间。在铜石并用时代晚期和/或青铜时代早期，北黎凡特地区超过一半的基因库被替换，而在安纳托利亚和南高加索地区的其余地区，我们记录到基因连续性，但仅存在短暂的基因流动。此外，我们还发现了青铜时代晚期北黎凡特地区存在一个基因上不同的个体。总而言之，我们的研究揭示了多个时期内人口动态的变化，从新石器时代的大规模混合到青铜时代晚期全球化社会中的长距离流动。
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古DNA论文
新石器时代至青铜时代的安纳托利亚、北黎凡特和南高加索的基因组历史
Genomic History of Neolithic to Bronze Age Anatolia, Northern Levant, and Southern Caucasus
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本文报告了110名古代近东个体的全基因组数据分析，分析时间跨度为新石器时代晚期至青铜时代晚期，这一时期近东地区区域间互动频繁。我们发现，公元前六千年，北安纳托利亚/中安纳托利亚地区和南高加索地区的人群在新石器时代形成的遗传谱系上拥有混合血统，该谱系形成于西安纳托利亚地区与现今南高加索/扎格罗斯山脉地区之间。在铜石并用时代晚期和/或青铜时代早期，北黎凡特地区超过一半的基因库被替换，而在安纳托利亚和南高加索地区的其余地区，我们记录到基因连续性，但仅存在短暂的基因流动。此外，我们还发现了青铜时代晚期北黎凡特地区存在一个基因上不同的个体。总而言之，我们的研究揭示了多个时期内人口动态的变化，从新石器时代的大规模混合到青铜时代晚期全球化社会中的长距离流动。
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古DNA论文
古代线粒体基因组显示过去 5200 年的高原人口对当今的藏人有部分贡献
Ancient mitogenomes show plateau populations from last 5200 years partially contributed to present-day Tibetans
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古代线粒体基因组显示过去 5200 年的高原人口对当今的藏人有部分贡献
Ancient mitogenomes show plateau populations from last 5200 years partially contributed to present-day Tibetans
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古DNA论文
通过全基因组芯片基因分型推断海南岛壮族语和最南端汉族的人口历史
Inferring the population history of Tai-Kadai-speaking people and southernmost Han Chinese on Hainan Island by genome-wide array genotyping
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古DNA论文
通过全基因组芯片基因分型推断海南岛壮族语和最南端汉族的人口历史
Inferring the population history of Tai-Kadai-speaking people and southernmost Han Chinese on Hainan Island by genome-wide array genotyping
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古DNA论文
草原和与伊朗有关的血统在西地中海岛屿的传播 - 更新中
The spread of steppe and Iranian-related ancestry in the islands of the western Mediterranean
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古DNA论文
草原和与伊朗有关的血统在西地中海岛屿的传播 - 更新中
The spread of steppe and Iranian-related ancestry in the islands of the western Mediterranean
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