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古DNA论文

东马格里布新石器时代采集者祖先的高度连续性

High continuity of forager ancestry in the Neolithic of the eastern Maghreb

地中海地区的古代 DNA 揭示了与粮食生产经济体扩张相关的远距离联系和人口转变。然而,与欧洲不同,北非这一关键转变的基因数据有限,而且只有来自最西部的马格里布(摩洛哥)的基因数据可用。在这里,我们展示了阿尔及利亚和突尼斯从晚石器时代 (LSA) 到新石器时代的九个人的全基因组数据。最早的个体与西马格里布(约 15000-7600 BP)的新石器时代前的人聚集在一起,表明这个“马格里布”血统谱具有相当大的地理和时间范围。至少有一个来自 Djebba(突尼斯)的个体,可追溯到约 8000 BP,拥有欧洲狩猎采集者的血统,可能反映了全新世早期穿越西西里海峡的运动。后来,来自东马格里布的新石器时代人群保留了大部分当地的采集者血统,同时还带有来自欧洲农民(约 7000 年前)和黎凡特人群(约 6800 年前)的较小贡献,因此与新石器时代地中海其他地区的人群相比,他们受到的外部基因流动的影响要小得多。

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最早的现代人类基因组限制了尼安德特人混合的时间

Earliest modern human genomes constrain timing of Neanderthal admixture

现代人类在 45,000 多年前抵达欧洲,与尼安德特人至少重叠了 5,000 年 1,2,3,4。这些早期现代人类的有限基因组数据显示,至少有两个基因上不同的群体居住在欧洲,以捷克的 Zlatý kůň3 和保加利亚的 Bacho Kiro2 为代表。在这里,我们通过分析来自德国拉尼斯 Ilsenhöhle 约 45,000 年历史的遗骸的一个高覆盖率基因组和五个低覆盖率基因组以及来自 Zlatý kůň 的另一个高覆盖率基因组来加深对早期现代人类的了解。我们发现远亲关系将拉尼斯和 Zlatý kůň 个体联系在一起,并且他们属于同一个小而孤立的群体,该群体代表了与非洲之外血统最深的已知分裂。拉尼斯基因组包含尼安德特人片段,这些片段源自与所有非洲以外人共同的一次混合事件,我们将其追溯到大约 45,000-49,000 年前。这意味着迄今为止测序的所有非洲以外人的祖先当时都生活在一个共同的人群中,并进一步表明来自非洲以外 50,000 多年前的现代人类遗骸代表了不同的非洲以外人群。

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秘鲁北海岸莫切精英墓葬的家庭关系(~500 CE):对塞尼奥拉·德·考及其亲属的分析

Family relations of Moche elite burials on the North Coast of Peru (~500 CE): Analyses of the Señora de Cao and relatives

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新石器时代早期以来黄河下游流域基因组动态, 中国山东省距今 5396-1345 年的 69 个个体

Genomic dynamics of the Lower Yellow River Valley since the Early Neolithic

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中欧第一批农民的社会和遗传多样性

Social and genetic diversity in first farmers of central Europe

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亚美尼亚人口的人口历史和遗传变异

Demographic history and genetic variation of the Armenian population

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来自沙特个体的参考质量、完全注释的二倍体基因组

A reference quality, fully annotated diploid genome from a Saudi individual

我们使用了多种测序方法对来自沙特阿拉伯的一名志愿者的基因组进行测序。我们使用所得数据生成基因组的从头组装,并使用不同的计算方法来完善组装。因此,我们提供了来自沙特阿拉伯的一名个体的所有染色体(除 Y 染色体外)的完整基因组的连续组装,并将此组装标记为 KSA001。我们将基因组注释从参考基因组转移以对 KSA001 进行完整注释,并使用 FAIR 数据原则将所有主要测序数据、组装和基因组注释免费提供给公共数据库。KSA001 是第一个来自沙特个体的端粒到端粒组装基因组,可免费用于任何目的。

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从古人类基因组推断唐代中国东部东西方混血现象

East and West admixture in eastern China of Tang Dynasty inferred from ancient human genomes

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皮塞纳文化的基因组图谱为意大利铁器时代和罗马帝国在意大利中部的遗产提供了新的见解

The genomic portrait of the Picene culture provides new insights into the Italic Iron Age and the legacy of the Roman Empire in Central Italy

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从古人类基因组推断人口从中原向北部沿海扩张 - 山东淄博青蓝府古人

Population expansion from Central Plain to northern coastal China inferred from ancient human genomes

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唐朝首都的古代基因组揭示了丝绸之路东端跨欧亚交流的遗传遗产

Ancient genomes from the Tang Dynasty capital reveal the genetic legacy of trans-Eurasian communication at the eastern end of Silk Road

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古代 DNA 挑战了对庞贝石膏模型的普遍解释

Ancient DNA challenges prevailing interpretations of the Pompeii plaster casts

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过去 2500 年来扩散和局部相互作用对巴布亚新几内亚古代遗传多样性的影响

The impact of dispersals and local interactions on the ancient genetic diversity of Papua New Guinea over the past 2500 years

华莱士热带群岛最早在 5 万年前由解剖学意义上的现代人类 (AMH) 定居,其后代种群被认为在 3.5 千年前南岛航海者到来之前一直处于遗传隔离状态。现代华莱士人表现出纵向的巴布亚和亚洲相关血统的反向梯度,这被广泛认为是当地人口与南岛航海者混合的证据,但多学科证据表明,巴布亚相关成分主要来自新几内亚的回迁。在这里,我们使用来自 12 个华莱士和 3 个西巴布亚种群的 250 多个新报告的基因组重建了华莱士种群遗传历史,并确认华莱士绝大多数巴布亚相关血统 (∼75–100%) 来自源自新几内亚的史前迁徙,只有一小部分可归因于创始的 AMH 定居者。巴布亚人和当地华莱士人血统之间的混合似乎仅限于群岛的西部和中部,并且可能与南岛语系航海者的基因广泛引入同时发生——目前南岛语系航海者基因约占现代华莱士人血统的 40-85%——尽管由于混合一直持续到历史时期,因此确定历史混合事件的年代仍然很困难。结合考古学和语言学记录,我们的研究结果表明,华莱士人种群历史充满活力,而在过去 3500 年中,巴布亚人基因、语言和文化的传播深刻地改变了这一历史。

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从古基因组推断汉文化向云贵高原的人口扩散

The demic diffusion of Han culture into the Yunnan-Guizhou plateau inferred from ancient genomes

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高加索青铜时代游牧民的崛起与变革

The rise and transformation of Bronze Age pastoralists in the Caucasus

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103 个样本
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古代基因组揭示了公元 9 至 10 世纪喀尔巴阡盆地阿瓦尔人与匈牙利人的转变

Ancient genomes reveal Avar-Hungarian transformations in the 9th-10th centuries CE Carpathian Basin

在中世纪早期,喀尔巴阡盆地经历了重大的人口变化,尤其是在阿瓦尔人统治了大约 250 年之后,早期匈牙利人在公元 9 世纪末定居于该地区。本研究对来自当今匈牙利西部的 296 个古代样本(包括 103 个散弹枪测序基因组)进行了基因分析。通过采用身份血统 (IBD) 片段共享网络,本研究提供了该地区从公元 5 世纪到 11 世纪的人口结构和动态的详细见解,特别关注某些微区域。我们的评估揭示了 Transdanubia 的空间历史差异,即使是在地理位置相近的社区之间也是如此,这凸显了密集采样和分析的重要性。我们的研究结果强调了广泛的同质化和重组过程、匈奴人、阿瓦尔人和征服时期移民群体之间的不连续性,以及与匈牙利征服者有关的祖先的传播和融合。

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428 个样本
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印欧人的遗传起源

The Genetic Origin of the Indo-Europeans

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中国西北地区青铜时代家族性牙齿缺失症(公元前1046-771年)。宁夏彭阳县姚河塬西周遗址。

Familial Hypodontia in Bronze Age Northwest China (1046-771BC)

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